Buongiorno Cristina,
Saranno dei giorni abbastanza pieni allora! Per spostarti, ti consiglio il treno - non ho trovato bus (ne regionali ne Flixbus, per intenderci) che offrano delle buone soluzioni.
Da Pisa puoi prendere il treno verso Lucca e cosi passare il resto della giornata lì, pernottando in città. La stazione si trova appena fuori le mura della città, quindi è molto facile e semplice visitarla a piedi.
Anche per quanto riguarda tragitto Lucca - Siena, la soluzione migliore sarà il treno (passando da Pisa e facendo cambio a Empoli), e poi tornerai verso Pisa facendo il tragitto inverso (cambiando ad Empoli). Controlla su trenitalia gli orario del treno.
Direi tuo secondo giorno potresti pensare ancora di qualche ora della mattinata a Lucca per partire prima di pranzo per Siena e pensare di passare il resto della giornata a Siena. A che ora devi tornare a Pisa il 25? Perche semmai potresti pensare a fare un tour nel Chianti per nel pomeriggio del 24
come questo tour o
questo tour (un po' più corto) e poi passare tutto il tempo che hai il 25 a Siena. Così riusci a visitare i dintorni di Siena anche senza la macchina e vedere dei posti che con treno non si riesce a vedere!